Essa è il risultato più evidente dell'attività degli ormoni ovarici; l'endometrio che ha raggiunto uno spessore di 6-7 mm, è ricco di ghiandole, arteriole e capillari ed pronto per la fase desquamativa.
La caduta più o meno rapida dei tassi ematici di estrogeni e progesterone che si verifica nelle ore precedenti al flusso, innesca una serie di avvenimenti:
• aumento della concentrazione delle prostaglandine che determina rapida vasocostrizione delle arteriose spirali e conseguente ischemia e necrosi dell'endometrio
• liberazione di enzimi idrolitici responsabili del processo di digestione delle cellule endometriali rese fragili dalla riduzione degli estrogeni.
• formazioni di ematomi con tendenza a confluire e a scollare gli strati superficiali dell'endometrio
• aggregazione piastrinica che induce la formazione di coaguli all'interno della cavità uterina
• attivazione di enzimi fibrinolitici che determinano la lisi dei coaguli con fuoriuscita di sangue liquido

La comparsa della prima mestruazione definita menarca, si verifica all'epoca
della pubertà (10-14 anni).
La durata del ciclo rappresenta l'intervallo di tempo intercorrente tra l'inizio di 2 successive mestruazioni, normalmente 28-29 giorni anche se esistono variabilità individuali notevoli.
La durata media del flusso mestruale è di 4-6 giorni ma può oscillare; anche la quantità di flusso può variare notevolmente (10-200 ml) ma generalmente si attesta fra i 40 e i 60 ml.